晉寧博物館的整體設計吸收借鑒當地的自然環境元素與人文歷史元素展示出晉寧特有的人文風采與晉寧風貌。展館內共有四層，三個常設展廳和一個臨時展廳。一層序廳主要展示的是晉寧獨具特色的“四大文化”：古滇文化、鄭和文化、民俗文化和宗教文化。 常設展廳分別為“遠古天地”展廳、滇文化展廳、鄭和文化展廳，臨時展廳用于專題性特色展覽。晉寧博物館的設計中綜合考慮空間環境與表現需要，運用圓雕、浮雕、繪畫等多種藝術表現方法，展現相關主題、傳達出其思想與文化，再結合多種現代多媒體技術，達到多方位全方面的視覺效果呈現，給予參觀者更多的視覺效果體驗。